Фамилия Каликян — яркий пример того, как всего один суффикс может перевернуть всё привычное понимание русской фамилии. На слух она звучит по-русски: основа «Калик-» напоминает либо уменьшительную форму имени Каллистрат (Калик), либо прозвище от слова «калика» — странник, нищий, поющий духовные стихи. Но финальное «-ян» выдаёт инородное происхождение. В русском языке такого фамильного суффикса нет: это типичный армянский патронимический формант, означающий «родом из», «принадлежащий к роду» (аналог русского -ов/-ев). Таким образом, Каликян — это не русифицированная фамилия, а армянская по своей модели, хотя основа у неё может быть заимствована из русской среды или из другого языка.

Самый простой и вероятный путь: фамилия образована от мужского личного имени Калик, которое на Кавказе и в Закавказье нередко давали как сокращённый вариант от Калистрат (греческое Kallistratos — «прекрасное войско»). Имя это было распространено у православных армян и у греков. В таком случае Каликян — «сын Калика», и предок носителя фамилии звался именно так.

Вторая версия, более редкая, но тоже имеющая право на существование: связь с прозвищем Калика. В армянской среде, особенно в регионах со смешанным населением (например, в Нагорном Карабахе или в армянских кварталах Астрахани), русское слово «калика» могло закрепиться как прозвище для странствующего певца или богомольца. Если предок был именно таким человеком, его могли прозвать Каликой, а потомков — Каликянами.

Третий вариант — топонимический. На Кавказе есть несколько мелких населённых пунктов и урочищ с корнем «Калик» (например, Калики в Грузии или Калик на территории исторической Армении). Фамилия могла указывать на выходца из такого места. Однако эта версия менее обоснована: обычно топонимические фамилии с суффиксом -ян образуются от названий сёл и городов, а не от микротопонимов.

Вне зависимости от конкретного корня, фамилия Каликян — это армянский патроним, который мог возникнуть как в среде армян, живших в России и заимствовавших русские имена или прозвища, так и у армян, носивших греческое имя Калик. Встречается она нечасто, преимущественно у армянских общин юга России, в Краснодарском крае и в Ростовской области, а также в Армении. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, без привязки к дворянскому сословию.