Фамилия Кинжигужина звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от тюркского или монгольского имени или прозвища, и её разбор стоит начать именно с корня, а не с суффикса.

Основа «Кинжигужин» почти наверняка восходит к сложносоставному личному имени. В тюркских языках распространена модель, где «кинжи» может означать «младший» (например, «кенже» в казахском и киргизском — младший ребёнок в семье), а «ужин» (или «узын») — «длинный». Вместе это могло быть прозвищем вроде «младший долговязый» или «младший длинный». Впрочем, возможен и другой вариант: «узын» (длинный) могло относиться к росту или к чему-то иному, а «кинжи» — быть диалектным вариантом слова «кенже». В любом случае, это прозвище дали конкретному человеку, скорее всего, в среде башкир, татар или казахов, где такие двухкорневые имена — обычное дело.

Суффикс «-ин» в фамилии Кинжигужина указывает на русскую модель образования: такую же, как в фамилиях Пушкин или Ильин. Это значит, что основателем рода был человек по имени или прозвищу Кинжигужа (или Кинжигужин). Приставка «Кинжигужа» могла быть формой имени, где «ужа» — искажённое «узын», или же «гужа» — вариант слова «кожа» (господин, хозяин). Тогда «Кинжигужа» — «младший господин». Окончание «-а» — типичное для женского варианта фамилии, который закрепился за носительницей.

Географически фамилия Кинжигужина с высокой вероятностью привязана к южному Уралу или Поволжью — регионам, где веками жили башкиры и татары, чьи фамилии нередко русифицировались через добавление суффиксов. В метрических книгах XIX века можно встретить похожие формы: Кинжегулов, Кинзягулов, что подтверждает общую модель. Если предки были из башкирского рода, то фамилия могла указывать на принадлежность к определённому племени или роду, где «Кинжигужа» было не просто прозвищем, а именем-оберегом, данным младшему сыну.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к государственным крестьянам или казакам. Дворянского корня здесь нет — сложные тюркские имена редко встречались в высших слоях российского общества. Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди десятков похожих (Кинжагулов, Кинзибаев), — это редкое сочетание корней, которое почти не встречается в массовых списках. Это говорит о том, что род был немногочисленным, возможно, с одной локальной территории.

Сегодня фамилия Кинжигужина — это не просто набор звуков, а указание на младшего предка с необычным прозвищем. Она не имеет отношения к кинжалам или жужам, как можно ошибочно подумать по созвучию, а хранит память о степных традициях имянаречения.