Фамилия Кипенская — женская форма, образованная от мужской фамилии Кипенский. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «Кипен-» и суффиксом «-ский». Суффикс «-ский» в русских фамилиях указывает на географическую или топонимическую привязку: предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из места с названием Кипень, Кипное, Кипени или подобным.

Самая прямая и вероятная версия — связь с топонимом Кипень. В России и на Украине встречаются поселения с таким названием. Например, в Ленинградской области есть деревня Кипень, а в Вологодской — река Кипень. В таком случае фамилия Кипенский (и Кипенская) означает «родом из Кипени». Такую фамилию могли дать помещику, владевшему землями в тех краях, или крестьянину, переселившемуся оттуда и получившему прозвище по месту прежнего жительства.

Корень «кип-» в славянских языках связан с глаголом «кипеть». Гидронимы Кипень часто давали бурным, быстрым рекам или ручьям с ключевой водой, которая словно «кипит» на перекатах. Название деревни могло произойти от такого же ручья или от слова «кипень» в значении «пена, накипь» — возможно, из-за особенностей почвы или воды. Поэтому фамилия, хоть и косвенно, может отсылать к природной характеристике места: «живущий у кипящего, бурного потока».

Фамилия Кипенская — редкая. По сравнению с массовыми фамилиями на «-ов» и «-ин», она имеет более позднее происхождение (в основном XVII–XIX века) и чаще встречалась среди дворянства и духовенства, а также у переселенцев, которые получали фамилию по названию покинутой деревни. Встречается также вариант написания через «о» — Кипонская, но он менее распространён и может быть искажением при переписи или диалектным произношением.