Фамилия Кипирина образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который присоединяется к основам на -а, -я. В данном случае основа — Кипир(а). Это типичная «матронимическая» или «прозвищная» фамилия: она отвечает на вопрос «чей?» и означает «дочь (или жена) Кипиры». То есть в основе лежит не мужское имя, а женское прозвище или мирское имя Кипира.

Корень «кип-» в русских говорах связан с глаголом «кипеть» и его производными. В диалектах «кипира» или «кипера» могло означать человека вспыльчивого, горячего, «кипящего» нравом. Такое прозвище давали либо человеку с бурным темпераментом, либо, реже, тому, кто работал у кипящего котла — например, на солеварне или в винокурне. Второй вариант менее вероятен, так как прозвища чаще отражали характер, чем профессию, но полностью исключать его нельзя: в северных регионах, где варили соль, такие прозвища встречались.

У фамилии есть и другая, более редкая версия происхождения — от имени собственного Киприан (Куприян) в его простонародной форме Кипир. В некоторых говорах имя Киприан звучало как «Кипир» или «Кипря», и от него через отчество образовывали Кипирин. Однако в таком случае фамилия писалась бы через «и» в корне (Кипирин), а «Кипирина» — женская форма, которая в современном употреблении закрепилась как неизменяемая фамилия для женщин. Если же носительница — женщина, то её фамилия — Кипирина, а мужская форма — Кипирин.

Географически фамилия редкая. Основные очаги встречаются в центральных областях России и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. В документах XVII–XVIII веков, например в переписных книгах, могли фиксироваться крестьяне с прозвищем Кипира, но массового распространения фамилия не получила. Это типичная «одиночная» фамилия, возникшая в одном селе или городке и не вышедшая за его пределы.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямое упоминание Кипириной отсутствует, но модель с суффиксом -ин от прозвищ на -а разобрана подробно. Сравните с фамилиями Киселина, Кислицина, где основа — прозвище, а не имя. Кипирина стоит в том же ряду: это не книжная, а живая, народная фамилия, в основе которой — меткое слово, данное предку за его характер.