Фамилия Кирханов — один из тех случаев, когда на слух она звучит по-русски, но корень выдает иноязычное происхождение. Основа здесь — «Кирхан», и это имя или прозвище, скорее всего, тюркского или арабского происхождения. Самая вероятная версия связывает её с арабским именем Кирхан (или Гирхан), которое можно разобрать как «господин» или «владыка» (от «хан» — правитель) в сочетании с тюркским «кир» — «поле, степь». В таком случае Кирхан — это «степной хан» или «полевой владыка», прозвище, данное человеку за властный нрав или за то, что он был старшим в роду, кочевавшем по степи.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Кирхан, что значит «сын Кирхана» или «из рода Кирхановых». Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, которые переходили в православие и получали фамилии по имени отца. В русских документах она фиксируется с XVII–XVIII веков, когда такие «инородческие» имена адаптировались под русскую словообразовательную систему.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия: от немецкого слова Kirche (церковь) через прозвище Кирха — «церковный служитель» или «живущий у кирхи». Но в таком случае фамилия выглядела бы скорее как Кирхов или Кирхин, а не Кирханов. Суффикс -анов чаще встречается именно в тюркских заимствованиях, поэтому первая версия для Кирханова основная.

Географически фамилия привязана к Поволжью, Приуралью и югу России — регионам, где веками соседствовали русские и тюркские народы. Встречается она и у татар-кряшен, и у русских, чьи предки взяли фамилию от соседей-мусульман. Сословно носители Кирхановых были в основном крестьянами и мещанами, реже — купцами или духовенством, но точных данных о дворянстве нет.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кирханов, Кирхин, Кирхов — все они уходят в одну и ту же тюркскую основу, но различаются суффиксами, что указывает на разное время и регион формирования. Кирханов — самая распространённая из них, что говорит о её укоренённости в русской среде.