Фамилия Кирхгеснер образована от двух основ: «кирх», восходящей к немецкому слову Kirche со значением «церковь, кирка (протестантская церковь)», и Gesner, которое с немецкого языка переводится как «переулок». Таким образом, можно предположить, что основатель рода Кирхгеснер жил в неком переулке неподалеку от церкви. Например, только у евреев можно было встретить такие фамилии, как Вейценбаум, что в переводе с немецкого означало «пшеничное дерево», Зауэрштром – «кислый поток», Левенфиш – «рыба-лев», Цигенбаум – «козье дерево», Квечман – «высказываться неохотно».