Фамилия Кирхгеснер — сложное слово, собранное из двух немецких корней. Первая часть, «кирх», восходит к слову Kirche, то есть «церковь» или «кирха» (протестантский храм). Вторая, «геснер», происходит от Gesner, что на немецком означает «переулок». Скорее всего, человек, первым получивший такое прозвище, жил в переулке, который находился рядом с церковью. Это типичная для немецкой ономастики модель: фамилия-топоним, описывающая место жительства предка.

Любопытно, что подобные составные фамилии из двух самостоятельных слов встречались и в других языковых группах, но особенно часто — у еврейского населения, говорившего на немецком. Например, Вейценбаум («пшеничное дерево»), Зауэрштром («кислый поток»), Левенфиш («рыба-лев»), Цигенбаум («козье дерево») или Квечман (тот, кто «высказывается неохотно»). Однако, в отличие от этих ярких и порой метафорических примеров, фамилия Кирхгеснер описывает конкретную и бытовую привязку — к храму и близлежащей улице. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, не был ни ремесленником, ни торговцем, а просто жил в определённом месте, которое и закрепилось за ним в качестве родового имени.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: фамилия не имеет русского суффикса (вроде -ов или -ин), а представляет собой чистую немецкую основу. Это говорит о том, что Кирхгеснер — фамилия не русифицированная, а сохранившая исходную немецкую форму. В России такие фамилии чаще всего встречались у потомков немецких колонистов, переселившихся в XVIII–XIX веках в Поволжье, Причерноморье или на Волынь. Регионально фамилия редкая, и её появление в документах почти наверняка связано с конкретным поселением, где стояла кирха и был переулок, давший название целому роду.