Фамилия Киргеснер — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отбросить славянские модели. В ней нет суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами не адаптированная крестьянская фамилия, а относительно позднее заимствование, скорее всего немецкое.

Разложим фамилию на части. Основа «Киргес» — это искажённое немецкое Kirch(e), то есть «церковь», в родительном падеже или в составе сложного слова. Вторая часть «нер» — типичный немецкий суффикс деятеля -ner (ср. Gärtner — садовник, Bäcker — пекарь). Таким образом, Киргеснер — это Kirch(e)sner, то есть «церковник» или «тот, кто при церкви». В немецких землях так называли не священников, а служащих при храме: звонарей, сторожей, псаломщиков или людей, живших на церковной земле.

Написание «Киргеснер» вместо «Кирхенер» или «Кирхснер» выдаёт русифицированную передачу звука. В немецком языке сочетание ch перед s часто произносится твёрдо, почти как «х», но на письме в русских документах XIX века его могли записать через «г», как в фамилиях Киргнер или Киргольц. Фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами из немецких княжеств — при Екатерине II или позже, в конце XVIII — начале XIX века, когда колонистов селили в Поволжье, на юге Украины и в Причерноморье.

Скорее всего, предок носителя был лютеранином или католиком, выходцем из среды сельских или городских ремесленников и низших церковных служителей. Фамилия не дворянская, не купеческая — она указывает на человека, который либо работал при кирхе, либо жил рядом с ней. В России такие фамилии могли немного менять звучание: например, Киргеснер легко превращался в Киргеснеров, если носитель переходил в православие и получал паспорт с русским окончанием, но исходный вариант сохранился в первоначальном виде.

Встречается фамилия крайне редко. В современной России её можно найти единично, чаще — у потомков немецких колонистов в Волгоградской, Саратовской областях или в Омской области, куда немцев высылали в 1941 году. Других версий — тюркской или финно-угорской — по этой фамилии нет, немецкое происхождение здесь единственное и прямое.