Фамилия Кируто — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и здесь сталкиваются несколько возможных версий. Самая простая и правдоподобная — что перед нами русифицированная форма западноевропейской или, скорее, прибалтийской фамилии. Суффикс -о, характерный для украинских, белорусских и польских фамилий (типа Коваль, Глушко), здесь отсутствует, зато окончание -то наводит на мысль о литовском или латышском влиянии. В Литве и Латвии фамилии на -us, -is, -as при переходе в русскую среду часто теряли окончания и приобретали привычное -ов, но могли и сохраняться в усечённом виде. Кируто может быть вариантом литовской фамилии Кирютис или Кирутис, образованной от личного имени Кирюс (уменьшительное от Кирилл или от балтского корня kir- со значением «резать», «рубить»).

Если же отталкиваться от русской почвы, то основа «Кирут-» могла возникнуть из прозвища. В северных и сибирских говорах встречается слово «кирута» — так называли неуклюжего, нерасторопного человека или, напротив, того, кто «кирикает» (издаёт резкие звуки, скрипит). В таком случае фамилия образовалась бы по продуктивной модели без суффикса (чистая основа), что для русских фамилий нетипично, но возможно для прозвищ, перешедших в фамилии в XIX веке у крестьян или однодворцев. Однако эта версия слабее: без суффикса -ов/-ин фамилия Кируто выглядит искусственной или пришлой.

Третья, экзотическая гипотеза — связь с японским именем Кирито (Kirito), популярным благодаря аниме и играм. Но в русской среде фамилии с таким корнем могли возникнуть только в конце XX века у людей, сменивших фамилию под влиянием поп-культуры, и это скорее единичные случаи, а не исторический пласт.

География фамилии Кируто в России крайне узкая. По данным открытых источников, единичные носители встречаются в Москве, Санкт-Петербурге и на юге страны. Это подтверждает версию о недавнем заимствовании или о миграции из Прибалтики. Сословная принадлежность предков неясна, но если исходить из балтийского варианта, это могли быть крестьяне или мещане, получившие фамилию в XIX веке при паспортизации.

В итоге наиболее обоснованное объяснение — фамилия Кируто восходит к литовской или латышской основе, а её редкое окончание — след адаптации при переходе в русскую языковую среду.