Фамилия Кисембаева — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не славянское, а тюркское имя. Её носительницы, как правило, женщины, поскольку окончание -а указывает на принадлежность к женскому роду (мужской вариант — Кисембаев). Фамилия образована по стандартной для русской среды модели: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Это значит, что предок по мужской линии носил имя Кисембай.

Разберём имя Кисембай. Оно составное: первая часть «кисем» восходит к арабскому слову «кисм» — «доля, участь, часть». В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, это слово могло означать «судьба» или «удел». Вторая часть «бай» — древний тюркский титул, означающий «господин, богач, хозяин». В составе имён «бай» часто выступал как пожелание богатства, знатности или как указание на состоятельность рода. Таким образом, Кисембай — это имя-пожелание: «тот, кому судьба дала богатство», «счастливая доля». Встречаются и более прозаичные трактовки: «кисем» могли связывать с понятием «отрезанный кусок», то есть «обладающий своей долей».

Географически фамилия Кисембаева (и Кисембаев) почти наверняка имеет казахское или башкирское происхождение. В этих культурах составные имена с элементом «бай» были чрезвычайно распространены, а имя Кисембай фиксируется в ономастических справочниках по Казахстану. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был кочевником-скотоводом или земледельцем, получившим имя при рождении, которое затем закрепилось как родовое прозвание.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев указывает на отчество (чей сын?), здесь он просто адаптирует тюркское имя под русскую грамматику. В самой казахской среде фамилии часто образовывались без таких суффиксов (просто Кисембай), но при интеграции в Российскую империю, особенно при переписях и воинском учёте, к имени добавляли русское окончание. Поэтому Кисембаева — это не столько «дочь Кисембая», сколько «женщина из рода Кисембая», записанная по русскому обычаю.

Других версий, например, связи с каким-либо ремеслом или географическим названием, не существует — корень чисто антропонимический. Фамилия остаётся локальной и нечастотной, что делает её ценным маркером конкретной семейной истории, уходящей корнями в тюркскую степную культуру.