Фамилия Кисеубаев — редкий пример фамилии, образованной от составного тюркского прозвища, где вторая часть указывает на физическую особенность, а первая — на характер или социальное положение. В основе лежит казахское или башкирское имя Кисеубай, которое распадается на две части: «кисе» (в тюркских языках — «человек», «мужчина», иногда «бедняк», «простолюдин») и «убай» (вариант «уба», «убай» — «богатый», «обильный»). Получается смысловая конструкция «богатый простолюдин» или «человек с достатком», что звучит как прозвище с оттенком иронии или уважения.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии в документах XIX — начала XX века, когда представители кочевых народов получали фамилии по отцу или роду через прибавление русского патронимического суффикса. В оригинале фамилия могла бы звучать как Кисеубайулы (сын Кисеубая), но в метрических книгах и переписях её записали по упрощённой модели, характерной для южноуральских и казахстанских регионов.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану, Оренбургской области и Башкортостану. В этих краях в XIX веке активно фиксировали тюркские имена с русскими окончаниями, и Кисеубаев — типичный пример такой записи. В отличие, скажем, от фамилии Кисеубаев, у однокоренных Кисеубай, Кисеубаева нет массового распространения за пределами указанных регионов.

Любопытная деталь: основа «кисе» может быть не только социальным термином, но и восходить к диалектному «кисе» — «козёл» в некоторых тюркских говорах. Тогда прозвище Кисеубай означало бы «богатый козёл» — насмешливое прозвище для упрямого или зажиточного человека. Но эта версия менее вероятна, так как в письменных источниках чаще встречается именно социальное значение.

Таким образом, предки носителя фамилии Кисеубаев, скорее всего, были казахами или башкирами, получившими прозвище по контрасту между происхождением и достатком, а фамилию оформили уже при вхождении в российское делопроизводство.