Фамилия Кисеева — женская форма, а мужская, Кисеев, образована с помощью одного из самых распространённых русских патронимических суффиксов -ев. Этот суффикс присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на «й». В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кисель.

Связь с киселём — блюдом, которое в Древней Руси было не десертом, а повседневной, часто основной едой, — очевидна. Прозвище Кисель могли дать по двум причинам. Первая — по характеру: медлительному, вялому, нерасторопному человеку, которого сравнивали с густой, тягучей массой. Вторая — по профессии или образу жизни: любителю киселя, торговцу им или, что менее вероятно, человеку, который его варил. В старину кисель варили из овсяной, ржаной или пшеничной муки, и это было сытное, недорогое кушанье, которое ели и в крестьянских избах, и в боярских теремах.

В ономастике фамилия Кисеев (и, соответственно, Кисеева) интересна тем, что она относится к «гастрономической» группе русских фамилий, образованных от названий еды и напитков. Сюда же входят Кашины, Сметанины, Блиновы, Киселевы. Последняя фамилия — Киселев — гораздо более распространена, чем Кисеев. Разница в суффиксе: Киселев образован от полной формы прозвища Кисель с помощью суффикса -ев (Кисель → Киселев), а Кисеев — от той же основы, но с усечением конечного -ль: в говорах или при быстром произношении форма «Кисель» могла сократиться до «Кисе», отсюда и Кисеев. Такое усечение — редкая, но встречающаяся модель в русской антропонимии.

Географически фамилия Кисеева не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных и южных регионах России, а также на Украине, где слово «кисіль» также было в ходу. В дореволюционных источниках носители фамилии фиксировались и среди крестьян, и среди мещан, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение. Сословных барьеров для прозвища, данного за характер или привычку в еде, не было.