Фамилия Кисел — нечастая и неоднозначная по происхождению. В ней сплелись как минимум две версии, и каждая опирается на разные языковые пласты.

Наиболее вероятная гипотеза связывает фамилию с еврейским мужским именем Иекусиэль. В переводе с древнееврейского оно означает «Бог становится сильнее». От полной формы через цепочку сокращений и образовалась краткая форма — Кисел. Такой путь — от полного библейского имени к бытовому прозвищу, а затем к фамилии — типичен для ашкеназской ономастики.

Вторая версия отталкивается от прозвища. Его могли дать по роду занятий. Основа — еврейское слово «кесель», то есть «чайник». Тогда предок человека с фамилией Кисел мог быть мастером по изготовлению чайников или торговцем этой утварью. Подобные «профессиональные» прозвища в еврейской среде встречались не реже, чем в славянской.

Существует и третья, менее распространённая гипотеза, которая выводит фамилию из немецкого языка. Слово «Kusel» означает «вершина». Если следовать этой логике, прозвище могло указывать на место жительства — на возвышенности, на внешность предка (высокий рост) или даже на его социальное положение. Однако эта версия выглядит более гипотетичной: переход немецкого «Kusel» в русское «Кисел» без дополнительных фонетических следов маловероятен.

Главная трудность в разборе фамилии Кисел — её краткость. В ней нет типичного русского фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский), который сразу указал бы на географию или сословие. Это чистая основа, что характерно для фамилий, возникших из прозвищ или сокращённых имён, и часто встречается у еврейских и немецких фамилий, вошедших в русский обиход.