Фамилия Кисеков — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе неочевидную загадку. На первый взгляд, корень «кисек» напоминает слово «кисель» или «кислый», но это обманчивое впечатление. В русском языке не существовало прозвища «Кисек» в значении «кислый человек» — такого слова попросту нет. Поэтому разгадку нужно искать в другом месте.

Самая прямая и правдоподобная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «кисек» означает «кусок», «часть», «отрезок». Прозвище Кисек могли дать человеку небольшого роста или, напротив, крепкого, «рубленого» телосложения. В некоторых диалектах «кисек» также могло быть формой глагола «резать», указывая на профессию мясника или портного. Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов: Кисеков — буквально «сын Кисека».

Менее вероятная, но возможная версия — от имени Кисей, которое является производной формой от канонического имени Акакий (греч. «незлобивый»). В просторечии Акакий мог превратиться в Какия, а затем в Кисея. Суффикс -к- в этом случае — уменьшительно-ласкательный, а фамилия Кисеков означает «внук или потомок Кисея». Однако эта версия слабее тюркской, так как имя Кисей встречается гораздо реже, чем прозвищная основа.

Географически фамилия Кисеков тяготеет к регионам, где исторически был силен тюркский субстрат: Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир, что подтверждает её смешанное происхождение. В старых переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков Кисековы чаще всего записаны как крестьяне или однодворцы, реже — как мещане. Среди дворянских родов эта фамилия не отмечена, что указывает на её «низовое», народное происхождение.

Таким образом, предок современного носителя фамилии Кисеков с высокой долей вероятности носил тюркское прозвище Кисек — либо по внешности, либо по ремеслу. Или же, что реже, был внуком человека по имени Кисей. В любом случае, фамилия эта не книжная, а живая, возникшая в среде простых людей, где прозвище было точнее и короче любого паспорта.