Фамилия Кисаубаев компактна, но её разбор упирается в неочевидную основу. Сразу видно: суффикс -ев указывает на русскую модель образования от тюркского имени или прозвища. Корень — Кисаубай. Здесь скрыто имя, которое в прошлом носил предок, а фамилия буквально означает «сын (потомок) Кисаубая».

Разложим имя Кисаубай. Первая часть — «кисе» или «киса» — в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «маленький», «младший», «детёныш». Вторая часть — «бай» — широко известный компонент со значением «богач», «хозяин», «господин». В старых тюркских именах «бай» не всегда указывал на реальное богатство, чаще был пожеланием достатка или почётным элементом. Соединив части, получаем «маленький бай» или «младший господин». Вероятно, так называли младшего сына в семье, подчёркивая его положение, либо давали имя как оберег: пусть вырастет малышом, но станет хозяином.

Модель образования фамилии — классическая для русифицированных тюркских имён. Когда башкиры, татары или казахи входили в состав Российской империи и получали фамилии по отцу, к основе добавляли русский суффикс принадлежности. Кисаубай + ев = Кисаубаев. Такие фамилии особенно характерны для южного Урала, Оренбуржья и Башкортостана. Там же, скорее всего, и живёт большинство носителей — в Башкортостане и соседних областях.

Важный нюанс: в некоторых тюркских диалектах слово «киса» могло означать «кошель» или «мешочек». Тогда имя Кисаубай приобретает прозаичный оттенок — «богач с кошельком», то есть человек при деньгах. Но эта версия менее вероятна для антропонима: имена с прозрачным «кошельком» встречаются реже, чем с указанием на возраст или размер. Первое значение — «младший бай» — выглядит убедительнее и точнее вписывается в традицию тюркских имён, где часты пары «старший — младший» (например, Улугбек и Кичикбек).

Фамилия редкая, нечастотная даже в регионах своего бытования. Это говорит о том, что род Кисаубаевых, вероятно, не был многочисленным или разветвлённым. В официальных документах XIX века имя Кисаубай могло фиксироваться по-разному: Кисубай, Кесебай. Вариант с буквой «а» в первом слоге закрепился как литературная норма.