Фамилия Кистаубаев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии без оговорок. Судя по суффиксу -ев, фамилия оформлена по русской модели патронимии, но корень указывает на тюркское происхождение, скорее всего казахское или башкирское. В тюркских языках «кистау» может быть искажённым вариантом слова «кистау» (наказание, притеснение) или географическим названием, например, аула Кистау. Однако более вероятно, что в основе лежит личное имя Кистаубай, где «бай» — «господин, богатый человек», а первая часть восходит к древнетюркскому «кыс» (девушка, дочь) или «кыста» (зимовать, зимовка). Таким образом, Кистаубай мог означать «зимующий богач» или «господин зимовья» — прозвище, данное человеку, владевшему зимним пастбищем или жившему на отдалённом зимнике. Фамилия образована по обычной для XIX века модели: к имени отца Кистаубай добавили русский суффикс -ев, получив «сын Кистаубая». Встречается она преимущественно в Оренбургской области и Западном Казахстане, что подтверждает связь с кочевым скотоводческим бытом. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды казахов или башкир, перешедших к оседлости в XIX — начале XX века. Никаких сведений о дворянстве или известных исторических личностях под этой фамилией нет — перед нами фамилия, целиком укоренённая в локальной сельской среде.