Фамилия Кистаева — женская форма фамилии Кистаев. Она образована по стандартной русской модели при помощи суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или -й. В мужском варианте — Кистаев, что указывает на патронимическое (по отцу) происхождение: «чей?» — Кистаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кистай.

Самая сложная часть — корень. Слово «киста» в современном русском языке известно в медицинском значении (полость в тканях), но вряд ли это легло в основу прозвища: называть человека «кистой» нелогично, а фамилии от болезней встречаются, но чрезвычайно редки и обычно имеют другую словообразовательную модель. Более вероятна связь с диалектными или тюркскими корнями. В тюркских языках (например, в татарском, башкирском, казахском) есть основа «кист(а)» — возможно, искажённое «кис» (зима, холод) или «кыста» (теснить, принуждать). В русских говорах фиксируется слово «кистень» (старинное оружие), но и оно далеко от «Кистай».

Правдоподобнее всего версия, что Кистай — это прозвище, образованное от глагола «кистать» или «кистовать». В некоторых южнорусских и украинских говорах «кистать» означало «болтать попусту, пустословить», «кистун» — болтун. Человек мог получить прозвище Кистай за привычку много говорить или, наоборот, за молчаливость (по принципу антифразиса). Такие прозвища от глаголов с суффиксом -ай (ср. Ломай, Стреляй) типичны для русской ономастики XVI–XVII веков.

Географически фамилия Кистаев/Кистаева редкая, но встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает тюркскую или диалектную основу. В метрических книгах XIX века носители фамилии отмечены в Оренбургской и Самарской губерниях — регионах активного смешения русского и тюркского населения.

Однокоренные фамилии — Кистанов, Кистенёв, Кистин — имеют разное происхождение. Кистанов, скорее всего, от прозвища Кистан (от «кистать»), а Кистенёв — от оружия «кистень». Кистаева стоит особняком: её основа с суффиксом -ай указывает на активное действие или характерную черту, а не на предмет.

Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть человеком с прозвищем Кистай — вероятно, говорливым или, напротив, обладавшим какой-то иной яркой особенностью, которую закрепило диалектное слово. Точное значение сегодня восстановить сложно, но происхождение фамилии — живой след народной речи, где прозвища давались по поведению, а не по профессии.