Фамилия Кистайкина — женская форма, исходная мужская — Кистайкин. Она образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кистайки». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Кистайка. Разберём, что оно могло значить.

Корень «кист-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «киста» — это кисть руки, но также «кистью» называли гроздь ягод или пучок ниток. Однако прозвище Кистайка, скорее всего, связано с другим значением: в архангельских и вятских говорах «кистай» — это вид рыбы, мелкий сиг или ряпушка. Рыболовецкое прозвище легко закреплялось за человеком, промышлявшим ловлей этой рыбы или торговавшим ею. Суффикс -к- в прозвище (Кистай + ка) придаёт оттенок уменьшительности или бытовой фамильярности, что типично для деревенских имён.

Версия с тюркским влиянием менее вероятна, хотя и возможна. В татарском и башкирском языках есть слово «кистә» (киста) — «мешок», «сумка», но для образования прозвища «Кистай» оно подходит слабо: тюркские фамилии в русской среде обычно оформлялись иначе, с суффиксами -ов/-ев. Фамилия Кистайкин встречается в основном в центральных и северных регионах России, что подтверждает диалектную русскую природу.

Таким образом, предок носителей фамилии Кистайкин, вероятно, получил прозвище по роду занятий — ловле рыбы кистай, либо по внешности (например, кистистые руки). Фамилия редкая, недворянская, крестьянского или мещанского происхождения. Точных сведений о знаменитых носителях нет, но сам её корень — живое свидетельство местных промыслов и говоров Русского Севера.