Фамилия Кистанкина в своей основе имеет дохристианское мордовское имя Кистанка. Скорее всего, это имя выполняло роль «охранного». Его давали мальчику, чтобы отвести от него беду: если в основе лежит финно-угорское слово «кестеен» — «кистень, дубина» или «глуповатый человек», то родители таким именем как бы обманывали злых духов, надеясь, что сын вырастет смышлёным и сообразительным, а не тем, кем его назвали.

Менее вероятна другая версия — происхождение от прозвища Кистанка, образованного от диалектного глагола «кистать». В некоторых говорах это слово означало «быть небрежным, делать что-либо небрежно». Если принять эту гипотезу, то прозвище Кистанка мог получить нерадивый работник, который делал всё спустя рукава. Однако эта версия слабее, так как фамилии от прозвищ с таким корнем встречаются реже, чем от личных имён.

Сама фамилия образовалась по типичной русской модели: к основе имени Кистанка добавили суффикс принадлежности -ин, получив сначала отчество Кистанкин, а затем и фамилию в женском роде — Кистанкина. Обратите внимание на суффикс -к- в основе: в мордовских именах он часто выполнял уменьшительно-ласкательную функцию, так что Кистанка — это, скорее всего, ласковое, домашнее имя. Сословных границ у этой фамилии не было: мордовские имена в XVI–XVII веках активно входили в русскую антропонимику среди крестьян и посадских людей, так что предки Кистанкиных — обычные земледельцы или ремесленники.