Фамилия Кистанкин происходит от дохристианского мордовского имени Кистанка. В основе имени лежит финно-угорское слово «кестеен» — «кистень, дубина» или «глуповатый человек». Имя могло быть «охранным»: родители нарекали так сына, чтобы отвести от него злые силы и надеялись, что ребенок вырастет смышленым и сообразительным. Такая практика — называть ребенка словом с противоположным значением — известна у многих народов.

Менее вероятна версия, что фамилия образована от прозвища Кистанка, которое связывают с диалектным глаголом «кистать» — «быть небрежным, делать кое-как». В этом случае прозвище мог получить нерадивый работник. Однако эта гипотеза слабее: глагол «кистать» мало распространён, а мордовское происхождение имени Кистанка подтверждается географией фамилии.

Фамилия Кистанкин — типичная русская фамилия на -ин, образованная от имени или прозвища на -а/-я. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кистанки. Носители фамилии чаще всего встречаются в Поволжье, особенно в Мордовии и соседних областях, что косвенно подтверждает её финно-угорские корни.