Фамилия Кыстаубаев образована от казахского имени Кыстаубай, которое, как и большинство восточных имен, состоит из двух частей: Кыстау и Бай. Первая из них восходит к нарицательному «кыстау» - «зимнее пастбище» (у кочевников существовало четыре вида пастбищ, соответствующих четырем временам года: Кыстау, Коктеу, Джайляу, Кузеу). Второй компонент фамилии – «бай» - переводится на русский язык как «богатый хозяин, могущественный человек, господин». Таким образом, потомок человека, которого звали Кыстаубай, со временем получил фамилию Кыстаубаев. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий. Так, в Книге памяти Восточно-Казахстанской области упоминается рабочий Кыстаубаев Кабидолла, родившийся в 1883 году в селе Карасиыр Усть-Каменогорский уезда Слусаринской волости.