Фамилия Кыстаубаев образована от казахского имени Кыстаубай. Разбираем основу: первая часть — «кыстау», то есть зимнее пастбище. У кочевников существовало четыре сезонных пастбища: кыстау (зима), коктеу (весна), джайляу (лето) и кузеу (осень). Вторая часть — «бай», что значит «богатый хозяин, могущественный человек, господин». Имя Кыстаубай, таким образом, можно понять как «хозяин зимнего пастбища» или «богач, владеющий зимовкой».

Тюркский суффикс -ов/-ев в фамилии типичен для русифицированных вариантов: он указывает на принадлежность, то есть Кыстаубаев — «потомок Кыстаубая». В отличие от турецких или гагаузских фамилий с окончанием -оглу/-оглы (что тоже значит «сын»), казахские фамилии в советское время чаще получали именно русский суффикс.

У фамилии есть конкретная географическая привязка. В Книге памяти Восточно-Казахстанской области упоминается рабочий Кыстаубаев Кабидолла, родившийся в 1883 году в селе Карасиыр Усть-Каменогорского уезда Слусаринской волости. Это одна из немногих документальных фиксаций фамилии, позволяющая привязать её к востоку современного Казахстана.

Интересная деталь: само слово «кыстау» — не просто «зимовка», а конкретный тип хозяйственного угодья. В отличие от летнего джайляу, где скот пасли на обильных травах, кыстау было местом, где пережидали холода, часто в долинах или у подножий гор, защищённых от ветра. Имя Кыстаубай могли дать человеку, чей род славился своим зимним стойбищем, или родившемуся в холодное время года, когда кочевники возвращались на постоянное зимнее пастбище.