Фамилия Кыстауов — редкий случай, когда основа фамилии не столько называет предка, сколько описывает его образ жизни. Корень «кыстау» в тюркских языках (особенно в казахском) означает «зимовка», «зимнее стойбище» или «место, где зимуют». Человек, получивший прозвище Кыстау, скорее всего, был тем, кто оставался на зимовке, сторожил скот или жил на отдалённом зимнем пастбище. В кочевой культуре это занятие требовало выносливости и самостоятельности.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на её позднее оформление по русской модели. В XIX — начале XX века, при переписях и паспортизации, тюркские прозвища и родовые имена часто русифицировали, добавляя окончание «-ов» или «-ев». Так Кыстау превратился в Кыстауов — «сын того, кто был на зимовке» или «потомок зимовщика». В самой фамилии нет указания на знатность или сословие: это прозвище по роду занятий, характерное для простых скотоводов.

Географически фамилия тяготеет к западному Казахстану и Оренбургской области России, где исторически были сильны казахские роды с традицией сезонных перекочёвок. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от названия конкретного урочища или зимовки, где жил родоначальник. В отличие от фамилий на «-улы» или «-кызы», которые сохранились у казахов, Кыстауов — пример того, как при записи в российские метрические книги тюркское прозвище «подгоняли» под стандартный русский патроним.

Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых тюркских диалектах «кыстау» могло означать не просто зимовку, а «нажим» или «притеснение» (от глагола «кыстау» — давить, теснить). Тогда прозвище могло относиться к человеку настойчивому или упрямому. Но первое объяснение — по месту зимовки — выглядит убедительнее, так как такие «топографические» прозвища у кочевников были массовыми.