Фамилия Кыстаубеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кыстаубеков уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кыстаубеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Кыстаубеков образована от казахского имени Кыстаубек. Оно имеет в основе нарицательное «кыстау» - «зимнее пастбище» (у кочевников существовало четыре вида пастбищ, соответствующих четырём временам года: Кыстау, Коктеу, Джайляу, Кузеу). Часть имени «Бек» - древнетюркско-татарское «князь, господин». Вероятно, один из далеких предков данной фамилии был скотоводом и уважаемым человеком. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кыстаубеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кыстаубеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.