Фамилия Кыстаубекова образована от казахского имени Кыстаубек. Оно имеет в основе нарицательное «кыстау» - «зимнее пастбище» (у кочевников существовало четыре вида пастбищ, соответствующих четырём временам года: Кыстау, Коктеу, Джайляу, Кузеу). Часть имени «Бек» - древнетюркско-татарское «князь, господин». Вероятно, один из далеких предков данной фамилии был скотоводом и уважаемым человеком. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кыстаубековых можно лишь на основании генеалогических исследований.