Фамилия Кыстаубеков — типичная для казахской ономастики, но не самая частая. Её основа — составное мужское имя Кыстаубек, которое разбирается на две части. Первая часть, «Кыстау», означает «зимнее пастбище». У кочевников существовал четкий цикл сезонных стоянок: кыстау (зимовка), көктеу (весеннее), жайляу (летнее) и күзеу (осеннее). Вторая часть имени — «бек», древнетюркский титул, перешедший в личные имена со значением «князь, господин, повелитель».

Словообразовательная модель проста: к казахскому имени присоединили русский патронимический суффикс -ов, который в XIX–XX веках закрепился при русификации фамилий в казахской среде. То есть Кыстаубеков буквально означает «потомок Кыстаубека».

Вряд ли имя дали случайно. «Кыстау» — не просто зимовка, а ключевое хозяйственное угодье: место, где скот переживал самые суровые месяцы. Владелец хорошего кыстау (с запасом кормов, защищенный от ветров) был обеспеченным человеком. Вероятно, первый носитель имени Кыстаубек либо родился на таком зимнем пастбище, либо получил имя в честь деда, славившегося своим хозяйством. Часть «бек» указывает на уважаемый статус — возможно, предок был не просто скотоводом, а старшиной рода или аксакалом.

Фамилия распространена в основном среди казахов, особенно в южных и центральных регионах Казахстана, где традиционное кочевое скотоводство сохранялось дольше. Встречаются варианты написания: Кыстаубаев (с усечением суффикса) или Кыстаубеков с ударением на последний слог, как это свойственно тюркским языкам при русификации.

Известных носителей в широком доступе нет, что типично для фамилий, не перешедших в столичную элиту. Зато по однокоренным фамилиям (Кыстауов, Кыстаубаев) можно проследить, что основа «кыстау» встречается и в других регионах — от Западного Казахстана до Алтая, что говорит о древности и широте кочевой традиции.