Фамилия Кыстаков звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Её основа, скорее всего, не славянского, а тюркского происхождения. Если отбросить русский фамильный суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Кыстаков), остаётся корень «Кыстак». В тюркских языках, распространённых в Поволжье, Сибири и Средней Азии, слово «кыстак» (или «кыштак», «кишлак») означает «зимовье», «зимнее стойбище», «посёлок». Таким образом, исходное прозвище Кыстак могли дать человеку, который жил в таком поселении, или же выходцу из определённого селения с похожим названием.

Менее вероятна, но возможна и другая версия: в некоторых тюркских диалектах «кыста» означает «теснить», «прижимать». В этом случае прозвище могло закрепиться за настойчивым, упрямым человеком, который «давил» на других. Однако первая гипотеза — топонимическая (по месту жительства) — выглядит убедительнее, поскольку фамилии, образованные от названий селений, встречаются гораздо чаще, чем от глагольных прозвищ.

С точки зрения географии, фамилия Кыстаков не относится к распространённым. Она редкая, и её носители, скорее всего, имеют корни в регионах, где исторически смешивались русское и тюркское население: в Сибири, на Алтае, в Оренбуржье или в Башкортостане. Русский суффикс -ов говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, например, при записи в метрические книги или при получении паспорта. Это типичный случай, когда тюркское по происхождению прозвище получало стандартное русское окончание, теряя связь с исходным языком.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет. Можно встретить вариант Кыстаковский, но он ещё более редок и, вероятно, имеет польское или украинское происхождение (с суффиксом -ский). Основная же масса носителей фамилии Кыстаков — это, по всей видимости, потомки крестьян или казаков, чьи предки жили в тюрко-русском пограничье и получили прозвище от названия своего зимнего жилья.