Фамилия Кисерис — редкий случай, когда географический и языковой следы почти не оставляют сомнений в происхождении. Это не русская, а литовская фамилия, и её разбор стоит начать с окончания. Формант -ис (-is) в литовском языке — типичное окончание существительных мужского рода в именительном падеже. Поэтому фамилии вроде Кисерис, Балтрушайтис, Садаускис — это исходная литовская форма, которую в русских документах часто переделывали на -ов или -ин, но здесь, судя по всему, сохранили оригинал.

Основа — Кисер-. В литовском языке слово «kisèris» означает «кисет» (мешочек для табака или денег). Однако прозвище могли дать не по мешку, а по профессии: кисетник, то есть мастер, который шил такие мешочки. Вторая возможная версия — от глагола «kìsti» (совать, засовывать), тогда прозвище мог получить человек с какой-то характерной привычкой или манерой поведения. Но связь с ремеслом выглядит правдоподобнее: в Литве и на западе Беларуси в XIX веке были мастера по выделке кожи и шитью кисетов, и фамилия могла закрепиться за цехом.

Встречается фамилия в основном в Литве и в пограничных районах Беларуси (Гродненщина). В России она попадается редко, чаще всего у потомков литовских переселенцев. Сословного барьера у неё не было: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, если занимался соответствующим ремеслом. Сравните с однокоренными литовскими фамилиями Киселюс, Киселис — они образованы от того же корня, но с другим суффиксом; Кисерис выделяется именно прозрачной связью с конкретным предметом обихода.

Изменение фамилии в русском контексте иногда шло по пути упрощения: в метрических книгах XIX века можно встретить написание «Кисерис» или «Кисерич», но последнее — уже полонизированный или русифицированный вариант. В современной Литве фамилия сохраняет исходное звучание.