Фамилия Кисер — один из тех случаев, когда на первый взгляд прозрачное слово ставит перед исследователем больше вопросов, чем даёт ответов. В русском языке нет нарицательного «кисер», а значит, происхождение нужно искать либо в заимствованиях, либо в искажённой записи более распространённой фамилии.

Самый вероятный путь — немецкий или идиш. В немецком «Kisser» (читается «киссер») означает «целовальщик» — прозвище, которое мог получить ласковый, любящий человек или, наоборот, тот, кто был назойлив в проявлении чувств. Однако в восточноевропейском варианте, особенно среди еврейского населения, фамилия могла быть образована от идишского слова «кис» (мешочек, кошелёк) с суффиксом «-ер», указывающим на профессию: «кисер» — тот, кто делает мешочки или торгует ими. В пользу этой версии говорит и географическая привязка: фамилия встречается в документах XIX века на территории Волынской и Подольской губерний, где были значительные еврейские общины.

Существует и третья, менее очевидная версия. В южнорусских говорах слово «кислый» могло дать прозвище «Кисля», но форма «Кисер» с суффиксом «-ер» для русского языка нехарактерна. Скорее всего, это либо фамилия, принесённая переселенцами из Польши (где «kiser» — вариант написания «цесарь», то есть император), либо результат канцелярской ошибки: при записи фамилии Кислов или Киселёв чиновник мог записать услышанное на слух окончание как «-ер».

Фамилия Кисер не имеет распространённого суффикса -ов или -ин, что указывает на её относительно позднее закрепление в русской среде (не ранее XVIII века) и, скорее всего, нерусское происхождение основы. Встречается она редко, преимущественно на западе бывшей Российской империи и в современных центральных областях России, куда могла попасть с миграцией ремесленников или отставных солдат.