Фамилия Кисера на первый взгляд кажется простой, но её происхождение неочевидно и уводит нас в диалектную лексику. В отличие от множества фамилий на -ов или -ин, эта образована без типичного русского родового суффикса, что само по себе редкость. Скорее всего, перед нами «застывшая» форма прозвища или имени, которое не стали дополнительно оформлять фамильным показателем — такое иногда случалось в юго-западных регионах или среди казачества.

Наиболее вероятная версия связывает основу с украинским или южнорусским диалектным словом «кисера». В этих говорах так называли кислую, прокисшую жидкость, брагу или просто что-то с резким запахом. Прозвище Кисера могли дать человеку угрюмому, ворчливому, «кислому» — по аналогии с современным «кисляй». Другое значение этого же слова — разновидность глинистой или болотистой почвы, так что прозвище могло закрепиться за жителем сырой, низинной местности.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с тюркскими языками, где корень «кис» или «кес» означает «резать, отрезать». В таком случае Кисера могло быть прозвищем резчика по дереву или, в переносном смысле, человека с острым языком. Однако эта версия слабее, так как финаль «-ера» для тюркских заимствований в русском нехарактерна.

Географически фамилия встречается разрозненно, но заметный след оставила на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в соседней Беларуси. В дореволюционных метрических книгах Кисера фигурируют преимущественно как крестьяне или мещане. Встречаются и польские написания Kiserа — в тех областях, где фамилию записывали по латинскому образцу.

Таким образом, носитель фамилии Кисера, скорее всего, потомок человека с характером или внешностью, напоминавшими «кислое», либо того, кто жил на кислой, болотистой земле. Это редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою диалектную окраску.