Фамилия Кищаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта фамилия скорее всего ведёт начало от прозвища. Основа «Кищ-» не встречается в церковных святцах, поэтому версию о происхождении от канонического имени можно отбросить сразу.

Самый вероятный путь — прозвище Кищ или Кища. В русских говорах слово «кища» могло означать нечто мелкое, щуплое, слабое (сравните с диалектным «кичка» — маленькая рыба или птица, а также «киша» — мелкая живность, толпа). Человек с таким прозвищем мог получить его за невысокий рост, худобу или суетливый, хлопотливый характер. Суффикс -аев указывает на то, что фамилия образована от формы на -а (Кища) по модели «чей?» — Кищаев, то есть сын или потомок Кищи.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках основа «киш» (kış) означает «зима», а «кища» могло быть прозвищем человека, родившегося в холодное время года или имевшего отношение к зимним работам. Однако это лишь гипотеза, и для фамилии с русским суффиксом -ев более логично искать объяснение в русской диалектной лексике.

Географически фамилия Кищаев встречается крайне редко, в основном на юге России и в Поволжье. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами или посадскими людьми — прозвища, лёгшие в основу таких фамилий, редко давали дворянам или духовенству. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища могли фиксироваться в переписных книгах, но массового распространения фамилия не получила.

В написании фамилии возможна вариативность: встречается вариант Кищаев (с буквой «щ») и, реже, Кишаев (с «ш»). Второй вариант мог возникнуть из-за диалектного произношения, где «щ» звучит как долгое мягкое «ш». Однако исходная форма, закреплённая в современных документах, — именно через «щ».