Фамилия Кищаева образована от прозвища или имени Кищай. Основа здесь — «кищ-», и это редкий случай, когда корень почти не встречается в других русских фамилиях. Скорее всего, он восходит к диалектному слову «кища» или «кищ» — в некоторых говорах так называли кошачий визг, писк, а в переносном смысле — человека с тонким, неприятным голосом или суетливого, мелкого. Версия с тюркскими корнями (например, от «киш» — соболь, пушнина) менее правдоподобна: фамилия не имеет характерных для татарских или башкирских родов суффиксов, а география её бытования — преимущественно русские регионы Поволжья и юга России.

Суффикс «-аев» указывает на модель образования от прозвища на «-ай». В русской ономастике так часто называли людей по характерной черте: «Кищай» — тот, кто кищит, пищит или суетится. Форма Кищаева — это женский вариант, исторически закреплённый за женой или дочерью Кищая. Мужская форма — Кищаев, но в документах и современных записях нередко встречается и женское окончание как самостоятельная фамилия.

Социальный контекст фамилии — крестьянская или мещанская среда. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Кищаевы фиксируются в основном среди государственных крестьян Симбирской, Саратовской и Астраханской губерний. Это говорит о том, что предки носителя фамилии были, скорее всего, вольными хлебопашцами или рыбаками, а не дворянами или купцами. Фамилия не получила широкого распространения — она остаётся сравнительно редкой, что делает её локально привязанной именно к этому региону.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Кищин, Кищенко, Кищанов — тоже редки и имеют схожую звуковую основу. Но Кищаева выделяется суффиксом «-аев», который в русском языке обычно присоединяется к основам на «-ай» (ср. Болтаев от «болтай», Шугаев от «шугай»). То есть прозвище Кищай, давшее фамилию, было полноценным бытовым именем, а не просто усечением от другого слова.