Фамилия Кищенков происходит от прозвища или имени Кищенко, а точнее — от его краткой формы. В основе лежит слово «кишка» или производное от него «кищёнок» — так в южнорусских и украинских говорах могли называть тощего, худого человека, буквально «кожа да кости». Суффикс -енк(о) характерен для украинской и южнорусской антропонимии: он образует отчества или уменьшительные имена (Кищенко — «маленький Кишка» или «сын Кишки»). А вот конечное -ов в фамилии Кищенков — это уже русская адаптация: при переселении носителей фамилии в великорусские губернии (или при записи в официальные документы) украинский суффикс -енко переоформили по привычной модели -ов, чтобы фамилия склонялась как типичная русская.

Вторая, менее вероятная версия связывает основу с именем Кирсан или Кир (через уменьшительное Киша), но тогда ожидалась бы форма Кишенков или Кишов — звук «щ» в «Кищенков» указывает именно на «кишку», а не на «Кишу». Поэтому версия с прозвищем по внешнему виду убедительнее.

По сословному происхождению однозначного вывода нет. Фамилии на -енков (-енко + -ов) чаще всего носили крестьяне и однодворцы южных регионов России — Курской, Воронежской, Орловской губерний, где смешивались русское и украинское население. В XIX веке Кищенковы встречаются в основном в этих землях, что подтверждает их связь с крестьянской или казачьей средой. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная «народная» фамилия, образованная от бытового прозвища.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна двойной суффиксацией: украинское -енко плюс русское -ов. Такая модель встречается реже, чем просто -енко или -ов, и часто указывает на миграцию предков: сначала человека звали просто Кищенко, а когда он или его дети попали в среду, где требовалась «обрусевшая» фамилия, добавили -ов. Так что предки Кищенковых, скорее всего, были выходцами с Украины или из пограничных южнорусских уездов, а сама фамилия сохранила память о прозвище, данном за худощавое телосложение.