Фамилия Клищенков — одна из тех, что звучат надёжно и по-крестьянски, но при ближайшем рассмотрении таит в себе неочевидный корень. Её основа — не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или повадкой человека.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей сын?»), а основа «Клищенк-» — это, в свою очередь, украинская или белорусская форма с уменьшительным суффиксом -енк- (как в фамилиях Грищенко, Иваненко). Получается, что Клищенков — это русифицированный вариант фамилии Клищенко, то есть «сын Клища». А вот откуда взялось само прозвище Клищ — тут возможны варианты.

Самая вероятная версия: «клищ» — это диалектное слово, обозначающее клеща (насекомое или паразита). В говорах южных и западных областей России, а также в украинском языке «клищ» и есть клещ. Прозвище Клищ могли дать человеку назойливому, приставучему, либо тому, кто, как клещ, «впивался» в работу или в спор. Менее распространённое, но допустимое объяснение — связь с глаголом «кликать» (звать), где «клищ» мог быть человеком, который громко зовёт, кричит, или же тем, кто работает с призывными криками (например, погонщик скота).

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам — Курской, Белгородской, Ростовской областям, а также к бывшим казачьим землям. В дореволюционных переписях Клищенковы чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами — особым сословием, занимавшим промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками. Забавная деталь: в некоторых говорах «клищом» называли ещё и небольшую деревянную деталь в сохе или плуге — так что предок мог быть и мастеровым, делавшим такие части упряжи.

В отличие от фамилий на -енко, которые остались в малороссийской форме, Клищенков «обрусел» уже к XVIII–XIX векам: при переселении на север или при записи в ревизские сказки русские писаря добавляли типичное окончание -ов. Так что современный носитель фамилии — потомок человека, которого в своём селе звали просто Клищ или Клищенко, а в официальных бумагах записали как Клищенкова.