Фамилия Кишечников — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку, со временем закрепилось за его потомками. В основе фамилии лежит слово «кишечник». В современном языке это медицинский термин, но в прошлом, в XVI–XVII веках, так могли назвать мастера, который делал кишки — то есть обрабатывал их для изготовления колбасных оболочек, струн или тетивы для луков. Это было востребованное ремесло, особенно в скотоводческих регионах и городах с развитой мясной торговлей.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кишечников буквально означает «сын Кишечника» или «принадлежащий Кишечнику». Фамилия образована не от имени, а от профессионального прозвища, что характерно для непривилегированных сословий — крестьян, посадских людей, ремесленников. Дворяне такие фамилии носили редко, и в родословных книгах XVIII–XIX веков Кишечниковых почти не встретить.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев или жителей северных губерний, где сохранялись архаичные названия ремёсел. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные профессиональные прозвища на -ник разбираются как характерные для «низового» городского населения. Кишечников стоит в одном ряду с фамилиями Скорняков, Кожевников, Мясников — все они отсылают к работе со шкурами и внутренностями животных.

Поскольку фамилия редкая, её носители в основном сосредоточены в центральной России и Поволжье. Встречаются также варианты написания с одной «ч» (Кишечников) — это орфографическая норма, а не ошибка. Двойное «ч» в корне не имеет смысла, так как слово «кишечник» пишется через одну «ч».