Фамилия Кишеев — редкий случай, когда практически все точки опоры ведут к тюркской языковой среде, а не к славянской. Основа здесь — тюркское личное имя или прозвище Киши, которое в разных диалектах означает «человек», «мужчина», «младший» или даже «слуга». В татарском, башкирском и казахском языках слово «кеше» (kise) — нейтральное «человек», но в составе прозвища оно могло указывать на конкретную черту: «настоящий мужчина» или, наоборот, «малорослый, маленький человек».

Суффикс -ев стандартно указывает на русскую патронимическую модель, но применительно к тюркской основе. Фамилия образована по схеме «имя отца + -ев»: Кишей — сын Киши. Форма Кишеев, а не Кишин, говорит о том, что исходное имя оканчивалось на согласный или гласный, но в русской канцелярии его переоформили по продуктивной модели. Это типично для фамилий, которые фиксировали в документах XVI–XIX веков у служилых татар, башкир или крещёных народов Поволжья.

Версия с русским корнем «киш» (кишеть, кишка) маловероятна: такие прозвища обычно давали по поведению («кишащий», суетливый), но они крайне редки и не дали устойчивой фамильной ветви. Тюркское происхождение подтверждается и географией: фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди сибирских татар. Если ваши предки были из этих регионов, велика вероятность, что они носили имя Киши как личное, а при переходе в православие или при записи в ревизские сказки оно превратилось в фамилию.

Есть и менее очевидная, но возможная версия: от тюркского «кыш» — зима. В этом случае прозвище Кышый или Кишей могло означать «рождённый зимой» или «холодный, суровый человек». Однако форма Кишеев (с гласной «е» в корне) ближе к «киши», чем к «кыш», поэтому версия с «человеком» выглядит убедительнее.