Фамилия Кишенич — редкий для России тип, который сразу выдаёт западнославянское или балканское происхождение. Суффикс -ич в русской среде характерен в основном для фамилий сербского, хорватского или белорусского корня. В России такие фамилии чаще всего встречаются у потомков переселенцев из-за Карпат или у выходцев из западных губерний, где этот суффикс был обычным делом.

Основа фамилии — Кишен — может восходить к нескольким источникам. Самая прямая версия: от прозвища «Кишень», что в южных и западных говорах означало «кишеня» — карман, мошна. Человек с таким прозвищем мог быть бережливым, запасливым, либо, наоборот, тем, кто «держит деньги при себе», торгует вразнос. В украинском языке «кишеня» — это карман, поэтому фамилия могла закрепиться за торговцем или ремесленником, носившим при себе мешок для товара.

Вторая версия, менее очевидная, но вполне допустимая: от личного имени Киша — уменьшительной формы от христианского имени Кирилл (через Кириша → Киша). В таком случае Кишенич — это «сын Киши», то есть патроним, который со временем застыл в качестве фамилии. Такая модель типична для сербских и хорватских фамилий: Милошевич, Петрович, Кишенич.

Встречается также гипотеза о связи с венгерским словом kis (маленький). Венгерское влияние ощутимо в Закарпатье и Воеводине, где фамилии на -ич нередки. Если предок носителя получил прозвище «Киш» (малыш), то его сын становился «Кишенич» — «малышов сын». Эта версия менее распространена, но имеет право на существование, особенно если семья имеет корни в районах смешанного славяно-венгерского населения.

Социальный состав носителей фамилии, судя по историческим данным, был преимущественно крестьянским и мещанским. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В современной России фамилия Кишенич встречается редко, чаще всего в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда в XIX–XX веках активно переселялись сербы и украинцы.