Фамилия Кишенько — украинская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике это один из самых распространённых патронимических формантов, который указывал на потомка, младшего члена семьи: Кишенько буквально значит «сын Кишеня» или «маленький Кишень». Основа фамилии — прозвище Кишень, которое, в свою очередь, образовано от слова «кишень» (карман в украинском языке). Прозвище могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — за бережливым или, наоборот, запасливым хозяином, который постоянно что-то носил с собой в кармане. Менее очевидная, но не менее реальная версия — прозвище могли дать портному или торговцу, чья работа была напрямую связана с карманами, сумками или кошелями. В украинской традиции прозвища по предметам одежды встречаются, но реже, чем по профессиям или внешним чертам, поэтому Кишенько — случай скорее характерный для бытовой наблюдательности.

Слово «кишень» имеет и диалектные оттенки. В некоторых говорах так называли не просто карман, а особый вид кошелька или кисета. Поэтому прозвище Кишень могло закрепиться за человеком, который постоянно носил с собой заметный кошель или, в переносном смысле, был «человеком с деньгами». В любом случае, фамилия не дворянская и не священническая — суффикс -енко в малороссийских землях был типичен для крестьян и казаков. Сословный состав её носителей в XVII–XVIII веках — это, скорее всего, свободные сельские обыватели или реестровые казаки, у которых прозвище фиксировалось в реестрах и переходило к детям уже как фамилия.

Географически фамилия Кишенько сосредоточена на территории современной Центральной и Восточной Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской областях. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины. Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет: корень прозрачный, суффикс типичный. Единственное, что может ввести в заблуждение — это возможное созвучие с русским словом «кишень» (с тем же значением), которое в русских говорах считается заимствованием из польского или украинского, но на образование самой фамилии это не влияет.