Фамилия Кишенькова — женская форма от Кишеньков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Кишень. Основа здесь — слово «кишень» (или «кишеня»), которое в южнорусских и украинских говорах означало «карман», «кошель», «мошна». Человек мог получить прозвище Кишень по разным причинам: либо он носил приметный, большой карман, либо был запасливым и бережливым, либо, напротив, имел репутацию того, кто «держит кишень туго» — скуповатого. Встречается и более прозаичная версия: Кишенём могли назвать мастера, который шил кошели или сумки.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ов-, указывающим на принадлежность: «чей?» — Кишеньков, то есть сын или потомок Кишеня. Суффикс -к- в женской форме (Кишенькова) — стандартный русский патронимический показатель. Интересно, что в отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, форма на -ов здесь говорит о том, что исходное прозвище Кишень склонялось как существительное мужского рода (как «конь» или «огонь»), а не как «кишеня» (женского рода).

Географически фамилия тяготеет к югу России, особенно к бывшим землям Области Войска Донского и Курской губернии. В дореволюционных переписях Кишеньковы встречаются среди казаков и государственных крестьян. Редкость фамилии объясняется тем, что основа «кишень» в значении «карман» постепенно вытеснялась из активного словаря литературным словом, и прозвище перестало даваться новым поколениям. Таким образом, Кишенькова — не аристократическая, а бытовая, «ремесленная» или прозвищная фамилия, за которой стоит конкретная черта характера или занятие предка, а не географическое название или крестильное имя.