Фамилия Кишеньков — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с тем, что кажется очевидным. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «кишень» в значении «карман» (в украинском и белорусском «кишеня»), и не «кишка». Словообразовательная модель указывает на суффикс -енк- (уменьшительный или прозвищный) и далее на типичный русский патронимический суффикс -ов. То есть Кишеньков — буквально «сын Кишенька», а Кишенько — это прозвище или производная форма от какого-то имени.

Самая правдоподобная версия ведёт к старому русскому нецерковному имени Кишень. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксировано прозвище Кишень (XVI век) и фамилия Кишеневский. Имя это, скорее всего, происходит от диалектного глагола «кишить» — в старых говорах это означало «шевелиться, копошиться, толпиться». Прозвище Кишень могли дать непоседливому, суетливому или очень подвижному человеку, а также тому, кто постоянно был в гуще событий, в толпе. Учитывая, что суффикс -енк- в русских фамилиях часто указывает на украинское или южнорусское происхождение (сравните: Коваленко — Коваленков, Бондаренко — Бондаренков), Кишеньков — это обрусевшая форма украинской фамилии Кишенько. На Украине прозвище Кишень могло быть связано с тем же корнем «кишіти» (кишеть) и означать «копуша» или, наоборот, «егоза».

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с ремеслом. В некоторых говорах «кишень» называли мешок или сумку, которую носили на поясе. Тогда прозвище мог получить кожевник, шорник или торговец, носивший заметную сумку. Однако эта гипотеза слабее, потому что для обозначения кармана или сумки в русских говорах чаще использовали слово «мошна» или «калита», а «кишеня» — явный западнорусский или украинский диалектизм, который редко становился основой прозвища в центральной России.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В дореволюционных метрических книгах Кишеньковы встречаются в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях — как раз в зоне смешения русских и украинских говоров. Сословно это были в основном крестьяне и мещане. Фамилия недворянская, образована по самой массовой модели «прозвище + -ов», что говорит о её позднем закреплении (XVII–XVIII века), когда крестьян начали массово записывать по отцам.