Фамилия Кишенев в своей основе имеет прозвище Кишень. В диалектах русского языка «кишень» означало «карман, мешочек, кошелек». Отсюда и две основные версии происхождения. Первая — прозвище могли дать богатому, но скупому человеку, который крепко держал свой кошель. Вторая, более вероятная, — прозвище указывало на род занятий: предок мог быть мастером по изготовлению кошелей и кожаных мешков.

Есть и третий вариант. В народной речи «кишень» иногда называли желудок или брюхо. Тогда прозвище Кишень получал либо любитель плотно поесть, либо просто полный человек. Какая из версий верна для конкретной семьи, сказать невозможно — прозвища давали по разным поводам, и со временем их истинный смысл стирается.

Сама модель фамилии типична для восточнославянской ономастики. Суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий (в данном случае «нь»), и означал принадлежность: «Кишенев» — сын Кишеня, потомок человека с прозвищем Кишень. Фамилия достаточно редкая, её географическое распространение неширокое, что косвенно подтверждает диалектный, локальный характер исходного прозвища. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, Кишенев — чисто прозвищная фамилия, отражающая бытовую, а не календарную сторону жизни предка.