Фамилия Кишенина — это, скорее всего, женская форма фамилии Кишенин. В русской традиции фамилии на -ин в женском роде получают окончание -а, поэтому искать её корни нужно в мужском варианте. Кишенин — фамилия, которая с высокой вероятностью образована от прозвища или мирского имени, а не от крестильного.

В основе лежит слово «кишень» или «кишеня». В южнорусских и украинских говорах «кишеня» означает карман (сравните с украинским «кишеня»). В диалектах встречается и слово «кишень» в значении «мошна, кошель». Таким образом, прозвище Кишеня могли дать человеку по характерной детали одежды — например, носившему большой или приметный карман, либо по роду занятий: тому, кто шил сумки, кошельки или торговал ими. Не исключено и переносное значение: так могли прозвать запасливого, скрытного или, напротив, неряшливого человека, у которого всё валилось из карманов.

Суффикс -ин в фамилии Кишенин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кишени, то есть потомок человека с таким прозвищем. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия Кишенины встречается нечасто, но её следы прослеживаются в старых документах по Рязанской и Тамбовской губерниям, что согласуется с южнорусским диалектным ареалом слова «кишеня».

Интересно, что фамилия не имеет отношения к глаголу «кишеть» (быть наполненным, шевелиться) — это случайное созвучие. Также маловероятна связь с тюркским «киш» (соболь, мех), хотя в принципе прозвища от названий пушных зверей тоже бытовали. Однако диалектное «кишеня» = «карман» даёт самую прозрачную и лингвистически обоснованную версию.

Если ваш предок носил фамилию Кишенин, он, скорее всего, происходил из крестьянской или ремесленной среды юга России. Фамилия недворянская, не искусственная — она выросла из бытового прозвища, и в этом её ценность как живого свидетельства народной речи.