Фамилия Кишенёва — женская форма фамилии Кишенёв, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от распространённых фамилий на -ов от крестильных имён (Иванов, Петров), основа здесь — «кишен-», которая может восходить как к географическому названию, так и к прозвищу.

Наиболее вероятная версия — связь с топонимом Кишенёвка или Кишенёво. Такие названия встречаются в исторических документах: например, село Кишенёвка упоминается в Курской губернии, а деревни с похожими корнями есть на Украине и в Белоруссии. В таком случае фамилия указывает на выходца из этого места — «кишенёвский» человек, то есть «Кишенёв». Модель образования типична для «географических» фамилий: житель местности получал прозвище по её названию, а затем оно закреплялось в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ев.

Вторая версия — от прозвища Кишень или Кишеня. В южнорусских и украинских говорах «кишень» — это карман, мошна, кошелёк. Прозвище могли дать запасливому, бережливому человеку или, наоборот, тому, кто любил запускать руку в чужой карман. В пользу этой версии говорит и то, что суффикс -ёв (а не -ев) в фамилии Кишенёв мог возникнуть под влиянием акающего произношения: «Кишенёв» из «Кишенев» — ударение сместилось на окончание, и буква «ё» закрепилась на письме.

Что касается географии, фамилия Кишенёва встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси. Распространённость её невысока, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного села или рода. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и однодворцами (в Курской и Воронежской губерниях такие фамилии от названий деревень нередки именно у этой категории).

Спорной можно считать гипотезу о связи с румынским Кишинёвом. Фонетически фамилия близка к названию столицы Молдавии, но для русского уха «Кишинёв» и «Кишенёв» звучат по-разному. Если бы предок был выходцем из Кишинёва, фамилия скорее писалась бы через «и» в корне — Кишинёв. Разница в гласном говорит в пользу исконно русского или украинского корня.