Фамилия Кишеева — женская форма фамилии Кишеев. В её основе почти наверняка лежит тюркское слово «киши» (человек, мужчина, лицо). Для русского уха в XVI–XVII веках, когда на южных и восточных окраинах государства активно шло смешение с татарами, башкирами и другими тюркскими народами, прозвище Кишей или Киш могло означать просто «мужик», «взрослый человек» или же указывать на какую-то конкретную черту — например, солидность или возраст. В тюркских языках «киши» — нейтральное слово, но в роли прозвища оно работало как бытовой идентификатор: «Кишей» — тот, кого знают как человека, а не по имени.

Модель образования проста: тюркская основа + русский суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Суффикс указывает на принадлежность: Кишеев — сын Кишея. То есть родоначальника фамилии звали Кишей. В документах встречаются похожие фамилии — Кишев, Кишов, Кишаев, — но Кишеев отличается более редким написанием с двумя «е» в корне. Возможно, это результат диалектного произношения или особенности записи в приказных избах: мягкое «ш» могло передаваться как «ше», а не «ша».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы или их потомки: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. Встречается она и у крещёных татар, и у русских, чьи предки получили прозвище от соседей-иноверцев. Второй, менее вероятный вариант — происхождение от прозвища из русского диалектного глагола «кишеть» (копошиться, толпиться). Так могли назвать суетливого или многодетного человека. Но тюркская версия надёжнее: она объясняет и форму, и регион бытования, и типичную для XVI–XVII веков практику давать прозвища по этническому или социальному признаку.

Сословного барьера у фамилии не было. Кишеевы могли быть и крестьянами, и служилыми людьми (например, казаками или детьми боярскими на южных рубежах), и купцами. Приставка «-ев» вместо «-ин» говорит о том, что основа мужского рода — не на -а, а на согласный или -й, что тоже подтверждает прозвищное происхождение от «Кишей». В современном русском языке фамилия не склоняется только в женском роде (Кишеева), мужской род склоняется по обычным правилам: Кишеев, Кишеева, Кишееву.