Фамилия Кишерина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, до сих пор не ушло из живого языка, а сохранилось в диалектах. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кишерина ведёт происхождение от прозвища Кишера. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «кишера» — это не только кишащая масса (например, насекомых), но и переносное название для суетливого, беспокойного, хлопотливого человека, а также для того, кто постоянно «кишит» в делах, не сидит на месте. Реже — прозвище для очень худого, мелкого человека, которого «и не видно в толпе».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кишерина — буквально «дочь (или жена) Кишеры». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В мужском варианте фамилия звучала бы как Кишерин, а женская форма — Кишерина — закрепилась в быту как основная, если речь идёт о женщине, или как вариант для всей семьи в документах, где фиксировали по мужу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным регионам России. Встречается в Тверской, Псковской, Новгородской областях — как раз там, где диалектное слово «кишера» (в значении «суета» или «толпа») фиксируется этнографами. Встречается и в Сибири, куда её могли занести переселенцы из тех же мест. В дореволюционных переписях носители фамилии в основном числились крестьянами и мещанами — то есть предки были людьми не знатными, а простыми, получившими прозвище по характеру или поведению.

Есть и альтернативная, менее распространённая версия: связь с тюркским корнем «киш» (соболь, пушной зверь) или с названием реки Кишерть на Урале. Но она слабая: для такой этимологии фамилия должна была бы звучать как Кишерин (с ударением на первый слог) и иметь другую географию, а основная масса носителей сосредоточена именно на русском Северо-Западе, где тюркские заимствования редки.

Таким образом, Кишерина — фамилия, которая прямо говорит о характере предка: скорее всего, это был человек деятельный, непоседливый, «кишащий» в работе, или же тот, кого в деревне дразнили за суетливость.