Фамилия Кишекина — женская форма мужской фамилии Кишекин. В русской традиции такие фамилии образуются от мужских прозвищ или имен с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Кишекин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Кишека.

Разбор фамилии стоит начать с корня. Основа «кишек-» восходит к слову «кишка». В русских говорах «кишека» или «кишка» могло быть прозвищем. Чаще всего так называли тощего, худого человека — «кишка» как символ чего-то длинного и тонкого. В некоторых диалектах слово имело и переносное значение: «кишка» — слабый, безвольный человек, «кишка тонка». Вряд ли прозвище относилось к торговцу кишками или мяснику: такие профессиональные прозвища обычно сохраняли более конкретную форму (Кишкин, Кишечников). Прозвище Кишека, скорее всего, давали по внешности или характеру.

Модель образования типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ин активно присоединялся к основам на -а, -я. Фамилия Кишекин (и Кишекина) могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей в XVI–XVII веках, когда прозвища активно переходили в фамилии. Сравните с однокоренными фамилиями: Кишкин (более распространенная), Кишков, Кишечников. Среди них Кишекин — редкий вариант, сохранивший ударение на втором слоге (Кише́кин), что отличает его от фамилии Ки́шекин, если бы она существовала.

Географически фамилия встречается спорадически. По данным открытых источников, Кишекины фиксируются в Вологодской, Архангельской областях и в некоторых районах Сибири, куда переселялись северные крестьяне. Это подтверждает версию о севернорусском происхождении: в тех краях прозвища на -ека, -ока были обычны.

Итог: фамилия Кишекина — отчество от прозвища Кишека, которое, вероятно, дали худощавому или слабосильному человеку. Никаких знатных или служилых предков за ней не стоит — это чисто крестьянская фамилия, каких тысячи. Её ценность не в громкой истории, а в точном портрете далекого предка, которого когда-то прозвали за внешность или нрав.