Фамилия Кишечкин — редкий случай, когда основа не просто прозрачна, а почти анатомична, но при этом не стоит спешить с выводами. Вопреки первому впечатлению, она не обязательно связана с внутренностями. Намного вероятнее, что в её основе лежит прозвище, образованное от слова «кишка» в переносном, бытовом значении. В русских говорах «кишкой» называли не только часть пищеварительного тракта, но и худого, тощего человека — «кишка кишкой», то есть очень худой, вытянутый. Кроме того, «кишкой» могли прозвать вялого, бесхарактерного человека или, наоборот, того, кто любит много и попусту говорить (сравните с «кишкоблуд» — пустомеля). Таким образом, прозвище Кишечка давали по внешности или характеру, а фамилия Кишечкин — это ответ на вопрос «чей сын?»: сын Кишечки.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русского севера и центра. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кишечкин — «из семьи Кишечки». Сама основа «Кишечк-» — это уменьшительно-ласкательная форма от «кишка» (как «ножка» от «нога»). Такие смягчённые прозвища часто давали детям или молодым парням: маленький худой паренёк легко мог получить прозвище Кишечка, которое потом закрепилось за его потомками. В отличие от фамилии Кишкин (более грубой и прямой), Кишечкин звучит как ласкательный вариант, что косвенно подтверждает его прозвищное, а не профессиональное происхождение.

В ономастических справочниках фамилия не числится среди распространённых, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по внешним приметам были обычным делом. Версия о происхождении от названия ремесла (например, «кишечник» — тот, кто делал колбасы или обрабатывал кишки) маловероятна: для такого занятия использовали суффикс -ник, и фамилия звучала бы как Кишечников. Кишечкин же — чисто «сыновья» фамилия, уводящая нас не в цех, а в деревенскую среду, где человека окликали по броской черте: «Эй, Кишечка, иди сюда».

Если искать однокоренные параллели, то ближайшая — фамилия Кишкин, которая встречается чаще. Сравнение с ней наглядно показывает разницу: Кишкин — более прямолинейное, возможно, даже грубоватое прозвище, а Кишечкин — его уменьшительная, «домашняя» форма. Встречается также фамилия Кишков, но она может быть связана с топонимом (например, река Кишка в Белоруссии). Для Кишечкина географическая привязка не прослеживается — это чисто антропонимическая история, где главным героем был тощий или болтливый предок, чью особенность подметили соседи.