Фамилия Кишекова — женская форма фамилии Кишеков, и её происхождение стоит искать в мужской основе. Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов/-ев, самый распространённый в русских фамилиях, указывает на принадлежность («чей?»). Значит, предок носителя фамилии Кишеков был человеком по прозвищу или имени Кишек, Кишеко или близкому к этому.

Разбираем корень «киш-». Самое прямое и вероятное объяснение — связь со словом «кишка» в одном из его старых значений. В русских говорах «кишкой» называли не только часть пищеварительного тракта, но и извилистую дорогу, узкий проход, а также нечто тонкое и длинное. Прозвище Кишек могли дать человеку долговязому и худому, либо тому, кто жил в кривом переулке или на околице. В ономастике есть параллели: фамилии Кишков, Кишкин, Кишко — все они, по словарю Б. Унбегауна, восходят к той же основе, связанной с внешностью или местом жительства.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском и ногайском, «кишек» может означать «отрезок», «кусок» или «часть». Учитывая, что фамилия встречается на Северном Кавказе (в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии), не исключено, что Кишеков — русифицированная форма тюркского или кавказского родового имени. Если так, то прозвище Кишек могло указывать на младшего сына в роду или на человека, получившего надел земли.

География фамилии подтверждает эту двойственность. В центральной России Кишековы — редкость, а вот в Кабардино-Балкарии и соседних регионах фамилия встречается чаще. Там она могла закрепиться в XIX веке, когда горцам массово давали русские фамилии по отцу или прозвищу. Таким образом, носитель фамилии Кишекова с большой вероятностью ведёт род либо от русского крестьянина, получившего прозвище за худобу или извилистый характер, либо от горца, чьё родовое имя адаптировали к русской модели.