Фамилия Кишенька — редкий случай, когда мы с большой вероятностью можем говорить не о русском, а об украинском или белорусском происхождении. Её выдает суффикс -енк-о, который в украинской ономастике играет роль уменьшительности или указывает на потомка (буквально «маленький Киш» или «сын Киша»). В польском языке похожий суффикс -енко тоже встречается, но для восточнославянских земель он типичнее.

Основа фамилии — «Киш». Здесь возможны два объяснения, и оба лежат в бытовой, недворянской среде. Первое: прозвище от украинского или польского слова «киш» — кишка, колбаса. Так могли прозвать мясника, колбасника или просто любителя сытно поесть. Второе: «киш» — это старинное название кислого напитка вроде кваса или браги; тогда прозвище относилось к пивовару или целовальнику.

Фамилии на -енко в XVI–XVII веках массово фиксировались среди казаков и крестьян Левобережной Украины. Кишенька — типичный пример такой фамилии, которая не закрепилась за шляхтой, а осталась в простонародье. Встречается она и сегодня, но крайне редко: основная масса носителей сосредоточена в Черкасской и Полтавской областях, а также среди потомков украинских переселенцев в Сибири.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: основа «Киш» + суффикс -еньк- (уменьшительно-ласкательный, как в словах «рученька», «ноченька») + окончание -о. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: КИшенька. В русском языке эта форма выглядит как женский род, но в украинском это обычная фамилия для мужчин (ср. Шевченко, Коваленко).

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кишенька стоит в одном ряду с Кишенко, Кишко, Кишевский. Разница в суффиксах: -к-о, -ев-ский и -еньк-о передают разные оттенки — от прямого прозвища до указания на место или родство. Кишенька — самая «домашняя» из них, почти ласкательная форма прозвища.