Фамилия Кишмисян — почти наверняка армянского происхождения, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастики. Основа здесь, скорее всего, не связана с русским словом «кишмиш» (сушёный виноград), хотя внешнее сходство бросается в глаза. В армянском языке существует корень «киш» (գիշ), означающий «ночь», а также основа «кишмиш» в значении «сумерки» или, в переносном смысле, «мрак». Однако более вероятно, что в основе лежит личное имя или прозвище, образованное от этого корня, — например, Киш (Кишмиш) как прозвище человека с тёмными волосами, смуглой кожей или, возможно, родившегося ночью.

Суффикс «-ян» (в старой орфографии — «-янц») — классический патронимический формант, указывающий на принадлежность к роду. Кишмисян буквально означает «из рода Кишмиша» или «потомок Кишмиша». Такая модель образования фамилий широко распространена у армян и, в отличие от русских фамилий на «-ов» и «-ин», не привязана к сословной принадлежности: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и духовенство.

Географически фамилия Кишмисян, скорее всего, локализуется в исторической Западной Армении (ныне территория Турции) или среди армянской диаспоры, вынужденно покинувшей эти земли. Известно, что фамилии с корнем «Киш» встречаются и в других вариантах — Кишмарян, Кишоян, — что подтверждает существование прозвища или имени Киш в армянской среде. Спорная версия, связывающая фамилию с тюркским или персидским «кишмиш» (виноград), маловероятна: для армянских фамилий характерны корни из собственного языка или из древних ближневосточных, а не из тюркских заимствований в русском.

Таким образом, предок носителя фамилии Кишмисян — человек по прозвищу Кишмиш, которое, вероятно, указывало на его внешность (тёмный, смуглый) или на обстоятельства рождения (ночное время). Фамилия не даёт информации о ремесле или социальном статусе, зато чётко говорит о родовой принадлежности к армянской общине, возможно, из региона, где армянский язык испытал влияние соседних культур.