Фамилия Киштеева — женская форма, мужской вариант — Киштеев. Её основа, скорее всего, тюркского происхождения, что типично для фамилий, встречающихся в Поволжье, на Урале и в Сибири. В основе лежит слово «кишт» или «киште» — в ряде тюркских языков (татарском, башкирском) это может означать «соболь» или, в переносном смысле, «ловкий, юркий человек». Не исключена и связь с диалектным глаголом «киштеу» — «кричать, издавать резкий звук» (например, о птицах), что могло стать прозвищем обладателя громкого голоса.

Модель образования проста: к прозвищу или имени Киште (Киштей) добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Киштея). Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого или шипящего звука в конце основы. Таким образом, предок носителей этой фамилии был известен в своей общине как Киште — человек, которого прозвали за сноровку, за крикливость или даже за внешнее сходство с пушным зверем.

Фамилия редкая и географически привязана. По данным переписей и архивов, большинство Киштеевых (и Киштеевых) проживает в Челябинской области и Башкортостане, что подтверждает её связь с тюркской языковой средой. Встречается она и у русских старожилов Урала, что говорит о давних межэтнических контактах: тюркское прозвище могло закрепиться за русским крестьянином или казаком.

Спорных версий немного. Можно было бы предположить иранское происхождение от «кишт» (посев, поле), но это маловероятно для фамилии с русским суффиксом и уральским ареалом. Вариант «от имени Киштяй» (уменьшительное от Кирилл или Киприан) тоже слаб: в документах нет следов такого имени у русских, а у тюркских народов оно не фиксируется. Самая надёжная версия — прозвищная, от слова «соболь» или «крикливый».