Кишуля — фамилия нечастая, и её происхождение, скорее всего, лежит не в нарицательном слове, а в прозвище или в искажённом имени. Сразу бросается в глаза суффикс «-уля», который в русской ономастике часто служит уменьшительно-ласкательным, а иногда и пренебрежительным окончанием. Вспомните «Катюля» или «Ванюля» — так могли назвать человека по имени, но с оттенком фамильярности. Поэтому первая и самая вероятная версия: Кишуля — это производное от имени Кирилл, которое в народной речи нередко сокращали до Кирюша, а оттуда — один шаг до формы «Кишуля» (через чередование «р» и «ш»). В таком случае предок носителя фамилии мог быть просто Кириллом, которого в кругу семьи или соседей называли ласково, почти по-детски.

Но есть и другой путь. В некоторых западных и южных говорах слово «киш» означало кишку или рукав (в значении «кишка» как труба или полость). Отсюда «кишуля» могло быть прозвищем человека с длинным, тонким телосложением, либо того, кто занимался выделкой кишок — ремеслом мясника или колбасника. В украинском языке «кишка» — это ещё и «кишка», и прозвища вроде Киш, Кишко, Кишеня встречаются. Фамилия Кишуля может быть их русифицированным вариантом, где на конце появился характерный восточнославянский суффиксальный элемент.

С географией сложнее. Фамилия не привязана к одному региону: её можно встретить и у русских, и у украинцев, и у белорусов. В документах XIX века она изредка всплывает в Полтавской и Черниговской губерниях, что подтверждает южное, малороссийское происхождение. Написание устойчивое, без вариантов вроде «Кишуля» или «Кышуля», что говорит о поздней фиксации фамилии, уже после унификации орфографии.

Таким образом, перед нами типичная «семейная» фамилия, образованная от личного имени или бытового прозвища. Если ваш предок был Кириллом — он мог зваться Кишулей. Если же он был мясником или просто худощавым человеком — прозвище могло закрепиться за его родом. Однозначного ответа нет, но обе версии имеют под собой реальную языковую почву.